A pesar de la existencia del Tratado de Bayona del 10 de marzo de 1995, la implementación de las acciones transfronterizas se encontraba, históricamente, con la dificultad añadida que suponía la no-existencia de instrumentos jurídicos específicos que amparasen e hiciesen viables las iniciativas derivadas de la cooperación transfronteriza.

Este obstáculo, que también se daba en otras fronteras europeas, se subsanó, en el caso del proyecto de la Eurociudad Bayona-San Sebastián, mediante la adopción de una figura de derecho privado contemplada simultáneamente en los ordenamientos jurídicos español y francés, así como el comunitario: las agrupaciones europeas de interés económico (A.E.I.E.).

La Agencia Transfronteriza para el Desarrollo de la Eurociudad Vasca Bayonne-San Sebastián. A.E.I.E. fue la estructura de cooperación creada, en el año 1.997, por la Diputación Foral de Gipuzkoa y la Aglomeración Costa Vasca-Adour, en su momento Distrito de Bayona-Anglet-Biarritz. La sede de la Agencia se estableció en Donostia - San Sebastián en dicha  Diputación Foral.

Asimismo, la Agencia para el desarrollo de la Eurociudad Vasca a partir del 2001, y tras las modificaciones estatutarias necesarias,  vió modificada su composición con la incorporación del Consorcio Bidasoa-Txingudi y a partir del 2009 con la incorporación del Ayuntamiento de Donostia-San Sebastián y de la Comunidad de Municipios Sud Pays Basque.